L’acqua potabilizzata può ancora trasportare sia microrganismi derivati da contaminazioni esterne o che sono stati in  grado di sopravvivere ai processi di trattamento delle acque, sia microrganismi che fanno parte della normale flora ambientale naturale, presenti quindi in assenza di qualsiasi tipo di contaminazione. Uno dei microrganismi più rappresentato come contaminante fecale è l’Escherichia coli, in genere enterobatteri, presenti nel microbioma intestinale. Altri indici di contaminazione fecale sono gli enterococchi (o streptococchi fecali) e i clostridi  solfito-riduttori (spore). In ogni caso se in un’acqua potabile vengono rilevati questi microrganismi, si presume la presenza anche di microrganismi patogeni quali: Salmonelle, enterovirus, virus dell’epatite A, di protozoi e uova ossiuri (tenie, ascaridi).